医院历史可追溯至1888年英籍埃及人巴阿美（A. Falmy）在漳州创办的福音医院。1936年12月，英国伦敦公会、英国长老会、美国归正宗教会、中华基督教闽南大会和中华基督教漳州区会，在福音医院的基础上合办漳州协和医院。1949年12月漳州协和医院从马公庙搬迁到漳州市医院现址。1952年1月29日漳州协和医院并入福建省第六专区人民医院，医院改称为龙溪专区医院（后称龙溪地区医院）。1986年改名漳州市医院。

　　在市委、市政府的关心重视下，现已发展为医疗、教学、科研、预防、保健、康复和急救为一体的三级甲等综合性公立医院，是福建医科大学非行政隶属附属医院，也是华中科技大学同济医学院和福建中医药大学的教学医院。2012年5月被确定为“卫生部脑卒中筛查与防治基地医院”，“福建省院士专家工作站”揭牌。担负着漳州市辖区近500万群众的疑难重症的抢救、医疗任务，被卫生部授予“国际紧急救援中心网络医院”。

　　医院占地面积78亩，建筑面积98865平方米，编制床位1056张，实际开放床位1407张，年门急诊量148.6万人次，住院量6.98万人次，手术量3.17万台次。临床医技科室40个，病区28个，职能科室15个，附设漳州市肿瘤研究所及眼科中心。拥有13个福建省住院医师规范化培训基地，1个省级急诊急救专科护士培训基地。

　　医院重视建设政治素质高、医术精湛、医德医风好、结构合理的人才队伍。全院职工2109人，其中，正、副主任医师、福医大兼职教授、副教授221人，高级技术职称211人，中级技术职称536人，硕士学历169人，博士学历6人。享受国务院政府特殊津贴1名，博士研究生导师1名，硕士研究生导师3名。

　　医院注重学科建设和技术创新，大力引进和开展新技术、新项目，整体医疗水平显着提高，形成院有重点、科有特色、人有专长的良好格局。血液科、肾内科、普外科、产科、骨科、泌尿外科、神经外科是本院的重点学科。肿瘤综合治疗、胸心外科、心血管内科、显微外科、脊柱外科、神经科、妇产科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、血液透析等专业在本地区处于领先地位。开展体外循环心脏不停跳心内直视手术、冠状动脉搭桥术、冠状动脉造影术、经皮冠状动脉腔内成形术(PTCA)等心脏手术，自体肝移植手术，异基因造血干细胞移植术、自体造血干细胞移植术、射频消融术、血浆置换术、新生儿重症救治，以及腔镜、微创、介入等高新技术项目达到省内外先进水平。近年来，获福建省、漳州市科技进步奖65项，各级科研项目立项100余项。

　　拥有先进的飞利浦1.5T超导型磁共振2台、64排螺旋CT 1台、128层CT 1台、SPECT/CT 1台、大型心脑血管造影系统(DSA) 2台，彩超、直线加速器、全自动生化分析仪、腹腔镜、胸腔镜、关节镜、电子胃镜、胶囊内镜、超声内镜、数字乳腺摄影系统、口腔X线计算机体层摄影系统、光学相干断层成像仪、高压氧舱等大型先进设备和齐全的常规检查设备，医疗设备总价值达4.37亿元，为临床诊疗水平的提高提供有力的保障。4个装备良好的重症监护病房为急危重症患者的抢救提供良好的条件。正在建设中的外科大楼占地面积3312.6平方米，总建筑面积54548.98平方米，设有800张床位。

　　医院始终坚持“以病人为中心、以质量为核心”的服务宗旨，秉承“精诚博学、仁爱致远”的院训，不断提高医疗质量和服务水平。先后荣获“全国精神文明建设先进单位”、“全国文明单位”、“全国院务公开示范点”、“全国模范职工之家”、全国优秀价格监测定点单位、外科ICU荣获“全国巾帼标兵岗”等多项荣誉。

医院始终坚持以医疗质量为核心，注重人才培养、学科建设和技术创新，形成院有重点、科有特色、人有专长的良好格局。全院职工3227多名，高级技术职称515名。其中，高级职称医师345名，福建医科大学教授1名，副教授15名，博士研究生导师1名，硕士研究生导师40名，享受国务院政府特殊津贴的专家1名，福建省卫健委有突出贡献青年专家1名。医院共设有15个职能科室，58个临床、医技科室，66个护理单元。拥有院士工作站1个，名医工作室10个，国家药物临床试验专业机构7个，国家级住院医师规范化培训专业基地16个，国家级临床药师培训专业基地2个。普外科、儿科、泌尿外科为省级重点学科，神经外科、骨科、胸心外科、妇科、产科、消化内科、心血管内科、呼吸内科、神经内科、内分泌科、肾内科、肿瘤科、新生儿科、急诊医学科、重症医学科、康复医学科、病理科、麻醉科为市级重点学科。开展辅助生殖技术、超低出生体重新生儿救治、急性脑动脉闭塞取栓与溶栓、异基因造血干细胞移植术，微创肺癌、胃癌、结直肠癌切除术等手术，神经介入、心血管介入、肿瘤消融、超声介入以及内镜下复杂手术等高新技术蓬勃发展。近年来，医院获省部级科学技术进步奖2项、市级科技进步奖6项；市厅级以上科技立项156项，其中国家自然科学基金1项、省部级立项38项。

医院持续提高学科高质量发展水平。通过国家医疗健康信息互联互通标准化成熟度四级甲等测试。创建并持续完善危重新生儿和危重儿童救护中心、危重孕产妇中心、胸痛中心、高级卒中中心、创伤中心等“五大中心”建设。医院通过中国胸痛中心（标准版）、中国房颤中心认证，被确认为国家脑卒中筛查与防治基地医院、国家药物临床试验机构、全国神经外科经颅底内镜培训基地、中国食管胃静脉曲张诊治规范培训基地、中国临床合理用药培训示范基地，国脑卒中动脉取栓技术培训基地等。被国家卫健委授予“国际紧急救援中心网络医院”、“五星级高级卒中中心”、“中国高血压达标中心建设单位”、“中国心衰中心建设单位”，是国家心脑血管病联盟成员单位，中国创伤救治联盟创伤救治中心建设单位，加拿大白求恩医学发展协会技术协作医院。

漳州市医院始终秉承“精诚博学、仁爱致远”的院训精神，深入开展“做有温度医者，创人民满意医院”活动，不断提高医疗质量和服务水平，努力改善患者就医体验和职工的工作体验。医院先后荣获“全国模范职工之家”“全国医院（卫生）文化建设先进单位”、“全国文化建设先进单位”等多项荣誉，连续两年获“福建省五一劳动奖状集体”、医院荣获“福建省抗击新冠肺炎疫情先进集体”，医院党委荣获 “全省先进基层党组织”等荣誉称号，连续五届蝉联“全国文明单位”。