1、引起感染：药物流产需要的时间较人工流产长，有时妊娠组织物排出不全，子宫膜复旧欠佳，阴道出血时间较长，可持续2周-3周，甚至1个月-2个月。长期慢性失血可引起贫血，使身体抵抗力下降。这时，细菌往往由阴道逆行，而引起子宫内膜炎症。
2、影响生育：可造成子宫内膜反复受损。由于子宫内膜有损伤，日后女性怀孕时，就容易发生前置胎盘，可引起产前大出血，由于多次流产，也有的女性会出现习惯性流产。
3、影响卵巢功能：抑制卵巢的功能，影响卵泡的生长发育甚至排卵。有些妇女药物流产后，可发生月经失调，表现为月经周期缩短或延长，药物流产对身体的危害有月经量增多。
4、不完全流产：并不是所有的女性都适合用药物流产，如果出现药物流产不全，就会影响子宫收缩及子宫内膜创面的修复，使阴道流血量明显增多，超过平时月经量的2倍~3倍，严重者还可出现大出血，导致贫血、休克，此时需输血并紧急手术刮宫止血等。
