1、亚硝酸盐
亚硝酸盐作为一种食品添加剂对改善肉制品的品质起到积极作用，但过量使用会造成亚硝酸盐中毒。在微生物的作用下，亚硝酸盐可在胃中转化合成强致癌物亚硝胺类。此外，肉品种的含氮物质可通过细菌的胺化和硝化作用转化成亚硝酸盐。鲜鱼在传统的腌制过程中会产生一定的亚硝酸盐，主要是因为在腌制过程中，腌腊鱼中的微生物如大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、霉菌等细菌具有强的还原能力，能将鱼体中的硝酸盐还原成亚硝酸盐，同时，鲜鱼中的蛋白质等含氮物质发生分解，产生胺等胺类物质将会对亚硝酸盐进一步形成亚硝胺类物质，此类物质为易引起人体致癌的物质。
亚硝酸胺是在酸性环境下，由亚硝酸盐或氮氧化合物与含氮物质(如胺类、氨基酸等)经亚硝化反应化合形成的。主要的亚硝胺是:N一二甲基亚硝胺、N一二乙基亚硝胺和亚硝基毗咯烷。大量的研究表明，酸菜类、肉类、鱼类等食品中含有较多的N一亚硝基化合物。新鲜的鱼类本身不含有挥发性的N一亚硝基化合物，而腌制鱼类中常检测出此类物质。主要是因为在腌制过程中，腌腊鱼的蛋白质分解产生大量的胺类物质，腌制所用的粗盐中可能含有亚硝酸盐，在适宜的条件下，胺类与亚硝酸盐反应，导致腌制食品中含有较多的亚硝基类化合物，长期食用腌制食品，这类物质不断在人体内积累，可以导致鼻咽癌、食道癌、胃癌及膀肤癌等。
2、分解产物
鱼体中含有丰富的蛋白质和水分，由于细菌和酶类的分解作用，蛋白质的过度分解会造成鱼体中蛋白质的腐败变质。在细菌蛋白酶、肤链内切酶等的作用下，鱼体中的蛋白质会分解产生蛋白陈和多肤，肤链的断裂使氨基酸含量明显增加，再由于相关酶的脱拨和脱氨作用，生成大量的挥发性盐基氮、组胺、胺、氨、胺类、硫化氢、叫噪、甲基叫噪等，而导致鱼体的腐败变质。
腌制对鱼体的蛋白质具有一定的影响。在腌制过程中，蛋白质的高级结构受到破坏而引起蛋白质的变性和结构变化，主要是肌动球蛋白的二级结构受到食盐的影响，食盐浓度越大，机动球蛋白的CaZ+~ATP酶活性越低，鱼肌肉中的肌动蛋白和肌球蛋白的转变温度就会向低值方向移动。肌纤维蛋白CaZ书ATP酶失活速率随之增加。
腌制时间、腌制温度和盐水浓度对鱼肉中盐卤中可溶蛋白含量和氨基态氮含量以及氯化钠含量均呈极显著正相关;腌制温度与盐卤中氨基态氮含量呈极显著正相关，与鱼肉中氯化钠含量呈显著正相关;随着盐水浓度的提高，盐卤中可溶性蛋白和氨基态氮含量明显降低，鱼肉中氯化钠含量却显著增加。增加食盐用量时，腌腊鱼中挥发性盐基氮含量降低:提高腌制温度时，腌腊鱼的TBA值和挥发性盐基氮含量均增加;降低食盐用量，提高腌制温度和延长腌制时间可提高腌腊鱼中某些游离氨基酸的含量。腌制可以促进腌腊鱼特征风味的形成，不同盐水浓度腌制的腌腊鱼中挥发性成分差异显著。此外，低温干燥的腌腊鱼风味较佳。
在腌腊鱼加工过程中，鱼体的各种成分会发生变化，研究发现，在腌制结束后，腌腊鱼中可溶性钙明显增加，为鲜鱼的16.67倍:亚硝酸盐含量很少，为0.141g/kg;蛋白质的含量由开始的63.33%减少到61.86%;脂肪含量由原料中的19.18%下降到了17.35%。在干燥阶段，腌腊鱼中蛋白质和脂肪会发生明显的降解和氧化反应，其中，蛋氨酸、丝氨酸、撷氨酸、谷氨酸、苏氨酸含量和TBA值会明显增加。
3、脂类氧化
鱼体中含有一定量的脂肪组织，在腌腊鱼加工和贮藏等过程中会发生复杂的化学变化，鱼体会产生不愉快的哈喇气味，并且还会出现变黄和发粘等现象。这是鱼体中表面的微生物、光线、氧气、湿度、温度等因素作用的结果。
脂肪的腐败有两个途径，一个是脂肪水解，另一个是脂肪的氧化，一般情况下，这两个过程同时存在，造成食品的腐败变质。脂肪的水解产生的低分子脂肪酸主要为蚁酸、辛酸、醛酸、醋酸、壬酸、壬二酸等，具有不良的气味。脂肪氧化的最终产物主要是短链碳基化合物，造成食品的不良风味。在多数情况下，这些产物对人体是有害的。
